Βάζουμε το ρύζι σε μια σίτα και το ξεπλένουμε πολύ καλά κάτω από κρύο τρεχούμενο νερό μέχρι το νερό που βγαίνει από τη σίτα να είναι διαυγές. (Με αυτό τον τρόπο το ρύζι θα γίνει σπυρωτό.)

Στραγγίζουμε καλά το ρύζι και το μεταφέρουμε σε μια κατσαρόλα.

Τοποθετούμε την κατσαρόλα σε δυνατή φωτιά και αφήνουμε να πάρει μια βράση χωρίς να ανακατέψουμε.

Χαμηλώνουμε τη φωτιά, κλείνουμε την κατσαρόλα με το καπάκι και σιγοβράζουμε για 10-15 λεπτά μέχρι να απορροφήσει τα υγρά του.

Αποσύρουμε από τη φωτιά και αφήνουμε την κατσαρόλα σκεπασμένη με το καπάκι για ακόμα 2-3 λεπτά.

Σπάμε το ρύζι με ένα πιρούνι μέχρι να αφρατέψει και το αφήνουμε στην άκρη.

Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 220ºC στον αέρα και τοποθετούμε μέσα μια σχάρα για να κάψει καλά. (Η σχάρα θα πρέπει να μπορεί να στερεωθεί πάνω στο ταψί (μπορεί να είναι μεγαλύτερη, αλλά όχι μικρότερη).

Ρίχνουμε στις τσιπούρες το ελαιόλαδο, αλάτι και πιπέρι και από τις 2 πλευρές.

Κόβουμε το λεμόνι σε φέτες και τις τοποθετούμε στο εσωτερικό των ψαριών.

Προσθέτουμε ολόκληρα τα κλωνάρια ρίγανης, αλάτι και πιπέρι.

Ρίχνουμε σε ένα ταψί το νερό και τοποθετούμε πάνω την καυτή σχάρα που βάλαμε στον φούρνο.

Τοποθετούμε πάνω στη σχάρα τις τσιπούρες, βάζουμε το ταψί στον φούρνο και ψήνουμε για 15-20 λεπτά μέχρι να ψηθούν καλά μέχρι μέσα και να πάρουν χρυσαφένιο χρώμα.

Βγάζουμε το ταψί από τον φούρνο και αφήνουμε στην άκρη τις τσιπούρες.

Καθαρίζουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο, τα ψιλοκόβουμε και τα αφήνουμε στην άκρη.

Τοποθετούμε μια κατσαρόλα σε μέτρια προς χαμηλή φωτιά και αφήνουμε να ζεσταθεί.

Ρίχνουμε το ελαιόλαδο, το κρεμμύδι, το σκόρδο, το θυμάρι και το μπούκοβο, και σοτάρουμε για 3-4 λεπτά ανακατεύοντας με μια ξύλινη κουτάλα μέχρι να καραμελώσει το κρεμμύδι.

Προσθέτουμε το αλεύρι, ανακατεύουμε και σοτάρουμε για ακόμα 1 λεπτό.

Σβήνουμε με το κρασί και ανακατεύουμε.

Προσθέτουμε το νερό, τον κύβο, αλάτι και πιπέρι, και βράζουμε για 2-3 λεπτά μέχρι να δέσει η σάλτσα.

Αποσύρουμε την κατσαρόλα από τη φωτιά, προσθέτουμε τη ρίγανη, το ξύσμα και τον χυμό λεμονιού, και ανακατεύουμε.

Βάζουμε τις τσιπούρες σε μια επιφάνεια σερβιρίσματος, συνοδεύουμε με το ρύζι και τη σάλτσα λεμονιού και σερβίρουμε με φέτες λεμονιού, ανθό αλατιού και φύλλα ρίγανης.